MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Bordetella parapertussis Bpp5 plasmid BPP5P1

Total Repeats: 185

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018830	GAC	2	6	80	85	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
2	NC_018830	CGA	2	6	127	132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
3	NC_018830	CAT	2	6	157	162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
4	NC_018830	GGC	2	6	175	180	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
5	NC_018830	TAC	2	6	185	190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
6	NC_018830	GGC	2	6	193	198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
7	NC_018830	GC	3	6	222	227	0 %	0 %	50 %	50 %	410500991
8	NC_018830	TTG	2	6	255	260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500991
9	NC_018830	GTC	2	6	281	286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500991
10	NC_018830	GCC	2	6	312	317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
11	NC_018830	AGC	2	6	336	341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
12	NC_018830	GC	3	6	366	371	0 %	0 %	50 %	50 %	410500991
13	NC_018830	GGCT	2	8	372	379	0 %	25 %	50 %	25 %	410500991
14	NC_018830	GAC	2	6	494	499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
15	NC_018830	CCG	2	6	508	513	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
16	NC_018830	GCCG	2	8	551	558	0 %	0 %	50 %	50 %	410500991
17	NC_018830	CAT	2	6	598	603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
18	NC_018830	AGC	2	6	707	712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
19	NC_018830	GGC	2	6	778	783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
20	NC_018830	CGTT	2	8	792	799	0 %	50 %	25 %	25 %	410500992
21	NC_018830	AGG	2	6	808	813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500992
22	NC_018830	GCC	2	6	857	862	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
23	NC_018830	GGC	2	6	863	868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
24	NC_018830	AC	3	6	894	899	50 %	0 %	0 %	50 %	410500992
25	NC_018830	GCG	2	6	983	988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
26	NC_018830	TCA	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500992
27	NC_018830	GCT	2	6	1076	1081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500992
28	NC_018830	CGTG	2	8	1132	1139	0 %	25 %	50 %	25 %	410500992
29	NC_018830	GCC	2	6	1226	1231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
30	NC_018830	GCA	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500992
31	NC_018830	GAAC	2	8	1351	1358	50 %	0 %	25 %	25 %	410500992
32	NC_018830	AAG	2	6	1422	1427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500993
33	NC_018830	CGA	2	6	1442	1447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
34	NC_018830	GCC	2	6	1457	1462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500993
35	NC_018830	TGCCG	2	10	1511	1520	0 %	20 %	40 %	40 %	410500993
36	NC_018830	CGAC	2	8	1527	1534	25 %	0 %	25 %	50 %	410500993
37	NC_018830	CG	3	6	1535	1540	0 %	0 %	50 %	50 %	410500993
38	NC_018830	CCAACG	2	12	1554	1565	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410500993
39	NC_018830	GCA	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
40	NC_018830	TAG	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500993
41	NC_018830	AAG	2	6	1855	1860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500994
42	NC_018830	TCA	2	6	1862	1867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500994
43	NC_018830	TTG	2	6	1891	1896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500994
44	NC_018830	TGG	2	6	1899	1904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500994
45	NC_018830	TTC	2	6	2008	2013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500994
46	NC_018830	GCT	2	6	2037	2042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500994
47	NC_018830	GCG	2	6	2114	2119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500994
48	NC_018830	A	6	6	2150	2155	100 %	0 %	0 %	0 %	410500994
49	NC_018830	CGG	2	6	2355	2360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
50	NC_018830	ACC	2	6	2516	2521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500995
51	NC_018830	CGC	2	6	2564	2569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
52	NC_018830	CCT	2	6	2593	2598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	410500995
53	NC_018830	GCC	2	6	2633	2638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
54	NC_018830	GGC	3	9	2659	2667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
55	NC_018830	TGC	2	6	2670	2675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500995
56	NC_018830	AGG	2	6	2688	2693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
57	NC_018830	CG	3	6	2862	2867	0 %	0 %	50 %	50 %	410500995
58	NC_018830	GTG	2	6	2918	2923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500995
59	NC_018830	AGC	3	9	3015	3023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
60	NC_018830	GCA	2	6	3066	3071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
61	NC_018830	CCGG	2	8	3096	3103	0 %	0 %	50 %	50 %	410500995
62	NC_018830	GGA	2	6	3124	3129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
63	NC_018830	GCG	3	9	3153	3161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
64	NC_018830	GCA	2	6	3181	3186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
65	NC_018830	GCA	2	6	3297	3302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
66	NC_018830	TGA	2	6	3309	3314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500995
67	NC_018830	CGG	2	6	3364	3369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
68	NC_018830	TCA	2	6	3411	3416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
69	NC_018830	CGA	3	9	3433	3441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
70	NC_018830	TCA	2	6	3462	3467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
71	NC_018830	GCC	2	6	3600	3605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
72	NC_018830	GCCG	2	8	3628	3635	0 %	0 %	50 %	50 %	410500995
73	NC_018830	CGG	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
74	NC_018830	TTG	2	6	4110	4115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
75	NC_018830	GGT	2	6	4199	4204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
76	NC_018830	GCT	2	6	4208	4213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500996
77	NC_018830	GGC	2	6	4254	4259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500996
78	NC_018830	GGT	2	6	4260	4265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
79	NC_018830	TTG	2	6	4287	4292	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
80	NC_018830	AGC	2	6	4318	4323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500996
81	NC_018830	TAGA	2	8	4324	4331	50 %	25 %	25 %	0 %	410500996
82	NC_018830	CGG	3	9	5094	5102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
83	NC_018830	GCC	2	6	5105	5110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500997
84	NC_018830	CGG	2	6	5116	5121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
85	NC_018830	AGC	2	6	5170	5175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
86	NC_018830	AGCGC	2	10	5242	5251	20 %	0 %	40 %	40 %	410500997
87	NC_018830	CGG	2	6	5269	5274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
88	NC_018830	TGC	2	6	5292	5297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500997
89	NC_018830	GGC	2	6	5360	5365	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
90	NC_018830	GCTC	2	8	5385	5392	0 %	25 %	25 %	50 %	410500997
91	NC_018830	GGA	2	6	5431	5436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500997
92	NC_018830	GCG	2	6	5443	5448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
93	NC_018830	GC	3	6	5456	5461	0 %	0 %	50 %	50 %	410500997
94	NC_018830	GCA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
95	NC_018830	CGAC	2	8	5478	5485	25 %	0 %	25 %	50 %	410500997
96	NC_018830	GC	3	6	5514	5519	0 %	0 %	50 %	50 %	410500997
97	NC_018830	AGC	2	6	5520	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
98	NC_018830	CAG	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
99	NC_018830	GGC	2	6	5620	5625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
100	NC_018830	AGC	3	9	5697	5705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
101	NC_018830	AGC	2	6	5729	5734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
102	NC_018830	ATG	2	6	5761	5766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500997
103	NC_018830	CTG	2	6	5785	5790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500998
104	NC_018830	ACC	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
105	NC_018830	AAC	2	6	5896	5901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410500998
106	NC_018830	CCA	2	6	5921	5926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
107	NC_018830	TGCC	2	8	5981	5988	0 %	25 %	25 %	50 %	410500998
108	NC_018830	AGG	2	6	6010	6015	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500998
109	NC_018830	TCA	2	6	6079	6084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
110	NC_018830	TCG	2	6	6093	6098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
111	NC_018830	TCGG	2	8	6129	6136	0 %	25 %	50 %	25 %	410500999
112	NC_018830	TCA	2	6	6151	6156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
113	NC_018830	TGGC	2	8	6161	6168	0 %	25 %	50 %	25 %	410500999
114	NC_018830	TCA	2	6	6169	6174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
115	NC_018830	CGCGG	2	10	6177	6186	0 %	0 %	60 %	40 %	410500999
116	NC_018830	CTGC	2	8	6218	6225	0 %	25 %	25 %	50 %	410500999
117	NC_018830	CAT	2	6	6233	6238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
118	NC_018830	GGCG	2	8	6254	6261	0 %	0 %	75 %	25 %	410500999
119	NC_018830	CA	3	6	6338	6343	50 %	0 %	0 %	50 %	410500999
120	NC_018830	CGG	2	6	6352	6357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
121	NC_018830	GGC	2	6	6374	6379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
122	NC_018830	T	6	6	6427	6432	0 %	100 %	0 %	0 %	410500999
123	NC_018830	TCA	2	6	6469	6474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
124	NC_018830	CTG	2	6	6519	6524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
125	NC_018830	TTGCCC	2	12	6532	6543	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410500999
126	NC_018830	GTT	2	6	6563	6568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500999
127	NC_018830	CAT	2	6	6569	6574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
128	NC_018830	CTG	2	6	6579	6584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
129	NC_018830	TCT	2	6	6641	6646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
130	NC_018830	ATG	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
131	NC_018830	CGG	2	6	6692	6697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
132	NC_018830	ATGG	2	8	6702	6709	25 %	25 %	50 %	0 %	410500999
133	NC_018830	CTT	2	6	6736	6741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
134	NC_018830	GGA	2	6	6750	6755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500999
135	NC_018830	CGG	2	6	6824	6829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
136	NC_018830	GC	3	6	6857	6862	0 %	0 %	50 %	50 %	410500999
137	NC_018830	GGC	2	6	6894	6899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
138	NC_018830	GCT	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
139	NC_018830	GCT	2	6	6981	6986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
140	NC_018830	GCT	2	6	6993	6998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
141	NC_018830	GCT	2	6	7011	7016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
142	NC_018830	ATG	2	6	7043	7048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
143	NC_018830	GCC	2	6	7446	7451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
144	NC_018830	ACCT	2	8	7473	7480	25 %	25 %	0 %	50 %	410501000
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147	NC_018830	AGACGG	2	12	7598	7609	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410501000
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149	NC_018830	CTG	2	6	7644	7649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501000
150	NC_018830	TCA	2	6	8614	8619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
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152	NC_018830	CAG	2	6	8763	8768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501001
153	NC_018830	TCA	2	6	8782	8787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
154	NC_018830	CAATC	2	10	8844	8853	40 %	20 %	0 %	40 %	410501001
155	NC_018830	CCAA	2	8	8868	8875	50 %	0 %	0 %	50 %	410501001
156	NC_018830	TCA	2	6	8921	8926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
157	NC_018830	GCAG	2	8	10371	10378	25 %	0 %	50 %	25 %	410501002
158	NC_018830	TGC	2	6	10388	10393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501002
159	NC_018830	CAA	2	6	10401	10406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410501002
160	NC_018830	TGT	2	6	10436	10441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410501002
161	NC_018830	CCG	2	6	10531	10536	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501002
162	NC_018830	CGA	2	6	10583	10588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501002
163	NC_018830	CTCA	2	8	10633	10640	25 %	25 %	0 %	50 %	410501003
164	NC_018830	CGG	2	6	10682	10687	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501003
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166	NC_018830	ACG	2	6	10752	10757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501003
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168	NC_018830	ACC	2	6	10884	10889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410501003
169	NC_018830	GCT	2	6	10903	10908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501003
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172	NC_018830	GGC	2	6	11091	11096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501004
173	NC_018830	GCCAA	2	10	11108	11117	40 %	0 %	20 %	40 %	410501004
174	NC_018830	AGC	2	6	11150	11155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501004
175	NC_018830	G	6	6	11158	11163	0 %	0 %	100 %	0 %	410501004
176	NC_018830	GCC	2	6	11182	11187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501004
177	NC_018830	G	6	6	11408	11413	0 %	0 %	100 %	0 %	410501005
178	NC_018830	TGAG	2	8	11526	11533	25 %	25 %	50 %	0 %	410501005
179	NC_018830	CTT	2	6	11869	11874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410501005
180	NC_018830	GCGG	2	8	11926	11933	0 %	0 %	75 %	25 %	410501005
181	NC_018830	GCCCT	2	10	11940	11949	0 %	20 %	20 %	60 %	410501005
182	NC_018830	CA	3	6	11954	11959	50 %	0 %	0 %	50 %	410501005
183	NC_018830	GCC	3	9	11969	11977	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501005
184	NC_018830	CGG	2	6	11987	11992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501005
185	NC_018830	GCA	2	6	12017	12022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501005

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.